ในบทเฉพาะกาลของร่างรัฐธรรมนูญ หลายมาตรากำหนดการสืบทอดการดำเนินการขององค์กรที่คณะรัฐประหารรับรองไว้ โดยเฉพาะอย่างยิ่งการให้บุคคลในองค์กรอิสระดำรงตำแหน่งไปจนครบวาระ ทั้งๆ ที่เมื่อมีรัฐธรรมนูญใหม่แล้วความชอบธรรมของบุคคลเหล่านี้น่าจะหมดสิ้นไป นอกจากนี้ยังไม่มีการกำหนดห้าม สสร. (ซึ่งมิได้เป็นกรรมาธิการยกร่างรัฐธรรมนูญ) สมัคร ส.ส. หรือ ส.ว. อีกด้วย นี้ยังไม่รวมการเตรียมตั้งพรรคการเมืองของคณะนายทหารจำนวนหนึ่ง หรือการเลี่ยงที่จะประกาศว่าจะไม่เล่นการเมืองของหัวหน้าคณะรัฐประหาร ทำให้มองเป็นอย่างอื่นไม่ได้ นอกจากเป็นการต่อท่ออำนาจของคณะรัฐประหาร

ในมาตรา 308 ของร่างรัฐธรรมนูญกำหนดให้คณะรัฐมนตรีของคณะรัฐประหาร แต่งตั้งคณะกรรมการปฏิรูปกฎหมายเพื่อเป็นองค์กรอิสระภายใน 90 วัน แล้วยังเร่งรัดอีกว่ากรรมการชุดนี้ต้องจัดทำกฎหมายเพื่อจัดตั้งองค์กรเพื่อปฏิรูปกฎหมายให้เสร็จภายใน 1 ปีด้วย โดยไม่มีการอธิบายใดๆ จากผู้ร่างรัฐธรรมนูญว่า จำเป็นเร่งด่วนเพียงใดที่ต้องให้คณะรัฐมนตรีชุดปัจจุบันดำเนินการ นี้จึงเป็นการสืบทอดอำนาจเผด็จการที่จะมีต่อไปอย่างยาวนาน และแนบเนียนกว่าเผด็จการในอดีตที่เป็นเพียง "ประกาศคณะปฏิวัติ"

มาตรา 309 ของร่างรัฐธรรมนูญ 2550 ได้เขียนไว้ชัดเจนว่า การกระทำใดๆ ที่รับรองในรัฐธรรมนูญของคณะรัฐประหาร พ.ศ. 2549 ไม่ว่าจะถูกหรือผิดกฎหมายและรัฐธรรมนูญ ให้ถือว่าเป็นการ "ชอบด้วยกฎหมายและรัฐธรรมนูญ" แล้วยังนิรโทษกรรมล่วงหน้าแก่คณะรัฐประหาร ดังข้อความที่ว่า "ไม่ว่าก่อนหรือหลังรัฐธรรมนูญ 2550" ส่วนข้อโต้แย้งที่ว่ามาตรานี้มีไว้เพื่อรองรับการกระทำที่ถือว่าชอบด้วยกฎหมายตามรัฐธรรมนูญ 2549 เท่านั้นก็ไม่จริง เพราะถ้าชอบด้วยกฎหมายแล้ว ก็ไม่จำเป็นต้องเขียนรับรองไว้เช่นนี้

ร่างรัฐธรรมนูญ 2550 เพิ่มบทบาทแก่องค์กรตุลาการมากเป็นพิเศษ โดยเฉพาะการสรรหาบุคคลเข้าดำรงตำแหน่งในองค์กรอิสระ ที่ศาลฎีกาตามรัฐธรรมนูญ ศาลปกครองสูงสุด เข้าไปเป็นกรรมการสรรหาจำนวนมาก โดยที่ไม่มีหลักประกันใดๆ เลยว่า บุคคลที่มาจากการคัดเลือกขององค์กรที่กล่าวมานี้ จะทำหน้าที่อย่างเป็นกลาง ไม่มีผลประโยชน์ทับซ้อน ผลเสียจากการที่ตุลาการมา "เล่น" การเมืองนั้น จะทำให้ความเชื่อถือในเรื่องความเป้นกลางในการตัดสินข้อขัดแย้งหมดสิ้นไป นี้ยังไม่รวมถึงการขยายเวลาเกษียณของผู้พิพากษาอีก 10 ปี ทั้งๆ ที่ควรจะไปตราไว้ในกฎหมายเฉพาะ ไม่ใช่ในรัฐธรรมนูญ (มาตรา 306 วรรค 2) ซึ่งเป็นประโยชน์ต่อบรรดาตุลาการทั้งหลายเช่นกัน

เป็นครั้งแรกในประวัติศาสตร์รัฐธรรมนูญที่บัญญัติว่ารัฐ "ต้องจัดให้มีกำลังทหาร อาวุธยุทโธปกรณ์ และเทคโนโลยีที่ทันสมัย จำเป็น และ เพียงพอ" นี่ไม่ใช่ข้อที่เขียนขึ้นลอยๆ แต่สอดคล้องกับการเพ่ิมขึ้นของงบประมาณทหารถึง 57,064 ล้านบาท หรือเพิ่มขึ้น 66.40 % และเมื่อพิจารณาจากงบประมาณมี 2551 ก็จะพบว่า ยุทธศาสตร์เพื่อความมั่นคงได้รับการจัดสรร 219,690.3 ล้านบาท ยุทธศาสตร์เพื่อแก้ไขความยากจนได้รับเพียง 59,833.3 ล้านบาท

สิทธิเสรีภาพที่สภาร่างรัฐธรรมนูญ มักจะนำมาอวดอ้างนักหนาว่า เป็นจุดเด่นของร่างรัฐธรรมนูญ 2550 รวมทั้งมักจะอ้างมาตรา 27 ว่า สิทธิที่บัญญัติไว้แล้วย่อมได้รับความคุ้มครอง แต่ในร่างรัฐธรรมนูญฉบับเดียวกัน ก็มีข้อยกเว้นเต็มไปหมด เช่น ให้อำนาจรัฐล้วงความลับประชาชน (มาตรา 36) หรือการจำกัดเสรีภาพในการแสดงความคิดเห็น (มาตรา 45) ซึ่งทั้งหมดสอดคล้องกับร่างกฎหมายรักษาความมั่นคงภายในราชอาณาจักร ที่จะให้อำนาจ ผบ.ทบ. ในฐานะ ผอ.รมน. มีอำนาจเข้าไปล่วงละเมิดสิทธิเสรีภาพขั้นพื้นฐานเหนือชีวิต ร่างกาย และทรัพย์สิน

การกลับไปสู่ระบบเลือกตั้งแบบเต็มที่มีพื้นที่ใหญ่ขึ้นเพื่อให้รองรับ ส.ส. 3 คน นอกจากเป็นอุปสรรคสำหรับนักการเมืองหน้าใหม่ ที่ต้องหาเสียงยากขึ้นแล้ว ยังทำลายหลักการ หนึ่งคนหนึ่งเสียง ที่มีการต่อสู้มาอย่างยาวนานลงไปอีกด้วย เพราะบางเขตเลือกตั้งอาจเลือกได้ 1 คน หรือ 2 คน หรือ 3 คนแล้วแต่กรณี ซึ่งสร้างความไม่เท่าเทียมกัน ในการลงคะแนนของผู้มีสิทธิเลือกตั้งในแต่ละเขต ผลประการต่อมาที่หลีกเลี่ยงไม่ได้คือการเป็น "เบี้ยหัวแตก" ของ ส.ส. ซึ่งจะทำให้พรรคการเมืองอ่อนแอ และส่งผลกระทบต่อไปถึงความมีเสถียรภาพของรัฐบาล อันเป็นปัญหาที่ระบบการเมืองไทยประสบมายาวนาน และพยายามหลีกเลี่ยง

การมี ส.ส. ระบบบัญชีรายชื่อ 100 คน ของรัฐธรรมนูญ 2540 โดยใช้ประเทศเป็นเขตเลือกตั้ง คือการส่งเสริมให้พรรคการเมืองใช้นโยบายในการหาเสียง ซึ่งประสบผลสำเร็จทำให้การเมืองไทยหลังเลือกตั้ง 2544 นโยบายเป็นส่วนสำคัญในการเลือกตั้ง แต่ร่างรัฐธรรมนูญ 2550 กำหนดให้มี ส.ส. ระบบสัดส่วนจำนวน 80 คน โดยแบ่งจาก 8 กลุ่มจังหวัด กลุ่มละ 10 คน ซึ่งเป็นการทำลายข้อดีของระบบเลือกตั้งตามรัฐธรรมนูญ 2540 โดยไม่มีเหตุผลในทางวิชาการรองรับ นอกจากผู้ร่างรัฐธรรมนูญหวาดกลัวพรรคการเมืองใหญ่ ในอดีตที่เคยเข้ายึดครองที่นั่งของ ส.ส. ระบบบัญชีรายชื่อจำนวนมาก และมีการอ้างตัวเลขคะแนนเสียงที่ประชาชนสนับสนุนเท่านั้น

แม้ร่างรัฐธรรมนูญ 2550 จะคงอำนาจวุฒิสมาชิกไว้เช่นเดม เช่น การกลั่นกรองร่างกฎหมาย การแต่งตั้งผู้ดำรงตำแหน่งในองค์กรอิสระ การถอดถอนผู้ดำรงตำแหน่งระดับสูง แต่กลับกำหนดให้ ส.ว. มีจำนวน 150 คน โดยครึ่งหนึ่งมาจากการเลือกตั้งจังหวัดละ 1 คนและที่เหลือให้มาจากการสรรหาของคณะบุคคล 7 คน ซึ่งมาจากฝ่ายตุลาการและข้าราชการระดับสูง นี่มิใช่อะไรอื่นนอกจากมอบอำนาจกลับไปยังระบอบอำมาตยาธิปไตยอีกครั้ง โดยที่คนเหล่านี้ไม่มีความเชื่อมโยงกับประชาชนแต่อย่างใด ซึ่งแสดงให้เห็นอย่างชัดเจนว่าร่างรัฐธรรมนูญ 2550 นั้น ให้คุณค่าแก่บรรดาอภิชนมากกว่าการยอมรับอำนาจจากการตัดสินใจของประชาชน

ถึงแม้ร่างรัฐธรรมนูญ 2550 มาตรา 69 จะเขียนไว้เหมือนกับรัฐธรรมนูญ 2540 มาตรา 65 ว่า "บุคคลย่อมมีสิทธิต่อต้านโดยสันติวิธี ซึ่งการกระทำใดๆ ที่เป็นไปเพื่อให้ได้มาซึ่งอำนาจในการปกครองประเทศ โดยวิธิีการซึ่งมิได้เป็นไปตามวิถีทางที่บัญญัติไว้ในรัฐธรรมนูญ" แต่ประสบการณ์การรัฐประหาร 19 กันยา 2549 ได้แสดงให้เห็นชัดเจนว่าลำพังการเขียนลงบนกระดาษนั้นไม่เพียงพอ การต่อต้านรัฐประหารที่เป็นจริงนั้นต้องอาศัยพลังทางสังคมเท่านั้น เพื่อให้การต่อต้านรัฐประหารเป็นจริง การ "โหวตล้มร่างรัฐธรรมนูญคณะรัฐประหาร" เท่านั้น ที่จะเป็นเครื่องยืนยันว่าการทำลายอำนาจการตัดสินใจของประชาชน ด้วยการรัฐประหารจะต้องไม่ได้รับการยอมรับอีกต่อไป